Table des matières
TABLE des MATIERES
Introduction : Qu’est-ce que la Vie ?
Ch1 : Les règles du jeu de la Science
Réalité du genre objet et réalité du genre sujet/ La dimension subjective/ La connaissance scientifique/ Les principes du paradigme mécaniciste/ Les contraventions au paradigme initial/ Le cadre classique/ La crise épistémologique
Ch 2 : Les interactions biomoléculaires élémentaires
L’évidente spécificité de la vie / Macro ou supermolécules ?/ La vie est un mouvement
A- Les interactions mécaniques :
L’agitation thermique/ Le choc élastique/ Un état de mouvement intrinsèque/ La révolution thermodynamique/ Objet versus système/ Force versus énergie/ Déplacement versus transformation/ Chaleur versus travail/ Organisation et contraintes/ Les référents/ Le référent implicite de la thermodynamique/ Interaction versus relation/ La gravitation universelle/ Principes versus Lois/ Les deux principes de la thermodynamique/ Le concept d’entropie/ L’entropie, un concept contre-intuitif/ Tendance versus force/ Spontanéité versus déterminisme/ Le deux limites du second principe
B- Les interactions électriques
La révolution de l'électro-magnétisme/ L'atome, un objet vide/ La stabilité des orbites / Les organismes électriques/ Le réflexe électrique/ Les charges partielles/ La "structure" de l'eau liquide
C- Les interactions chimiques
De l’alchimie à la chimie physique/ La réaction chimique élémentaire/ L’énergie d’activation/ L’état de transition/ L’indéterminisme fort de l’état de transition/ L’approche organiciste des interactions chimiques
D- Les interactions informationnelles
L’organisation tridimensionnelle de la protéine / L’effet hydrophobe/ L’amphiphilie/ La micelle/ L’état d’équilibre dynamique de la micelle/ La structure dynamique de la protéine/ La transconformation protéique/ L’interaction informationnelle
Ch 3 : Qu’est-ce que l’auto-organisation ?
Universalité de l’auto-organisation/ La quadruple ambiguïté du concept/ La co-organisation/ La Loi 1 d’Ashby/ L’hypothèse d’Ashby/ Les « organismes* » d’Ashby/ L’égoïsme des organismes/ Le principe d’engendrement
A- Auto-organisation des structures dissipatives
Les systèmes chimio-diffusionnels/ Le centre attracteur/ Affinité chimique et tendance thermodynamique/ Les cellules de Bénard/ Conformité à l’hypothèse d’Ashby/ L’indétermination du processus
B-Auto-organisation des supermolécules
C- Auto-organisation des atomes et des molécules
L’intrication de l’atome à son environnement/ Le comportement sensori-moteur de l’atome/ Le comportement finalisé des atomes/ L’auto-organisation des molécules
D- La boucle cybernétique
Ch 4 : L’organisation métabolique
La vie artificielle
A- Les trois éléments de base :
Les « réservoirs » moléculaires/ Les « vannes » métaboliques/ Les enzymes/ Les transporteurs membranaires/ Les récepteurs membranaires/ Les « récepteurs génétiques »/ Vannes matérielles et informationnelles/ La vanne membranaire aspécifique/ Représentation formelle des vannes/ Les flux métaboliques/ Interprétation formelle des flux/ Les deux facettes du système dynamique cellulaire/ Le concept d’information.
B- les modules organisationnels
La convergence/ La divergence/ La cascade/ La boucle matérielle/ Rétro-action négative et rétro-action ( ?) positive/ Adaptation et rétro-action positive
Ch 5 : Le réseau métabolique
La carte cellulaire/ Connaissance par assimilation objective/ Le référent humain/ Connaissance par assimilation subjective/ Biomolécules actives et passives/ La facette informationnelle de la carte/ Les entrées et sorties du réseau matériel./ Les entrées du réseau informationnel/ L'environnement subjectif/ La computation cellulaire/ Le réflexe chimiotaxique/ La causalité totalitaire/ Le paradoxe de la sortie introvertie/ Le paradoxe de la prise de sens-S/ Le Paradoxe de la comptabilité thermodynamique/ Le comportement/ Le tourbillon cellulaire/ Le « moulin métabolique »
Ch 6 : Le modèle sphérique
La dimension et l’espace subjectifs / L’espace environnemental, exclusivement objectif/ De la carte à la sphère cellulaire/ La ceinture équatoriale/ Les pôles génétiques/ Mouvements centripète* et centrifuge*/ Le centre de la sphère/ Le « disque cellulaire »/ Le point intégrateur/ La citadelle cellulaire/ L'introuvable stratège/ La « stratégie » cellulaire/ Les heureuses failles du second principe/ Entre menaces et besoins/ Le centre « attracteur » de la sphère/ Le point d'annulation/ Le point source/ Le qubit, une sphère élémentaire
Ch 7 : Le paradigme organiciste
Les Lumières de la raison/ Un paradigme non-réductionniste/ Le sacré/ Le cadre élargi de la réalité/ L’hypersphère, modèle de tout système naturel/ La sphère cosmique/ La hiérarchie enchâssée/ Le centre du Cosmos/ Le pendule de Foucault/ Point de vue top-down et bottom-up/ L’intériorité* de la matière/ L'hypothèse de Dieu
Annexe I: Principes de base d’une « vie artificielle »
Le réseau multiprotéique/ Les protéines virtuelles/ De la grammaire à la conjugaison.
Annexe II : De l’expérience vécue à la formalisation mathématique de la quatrième dimension
A- L’EXPERIENCE
Esprits concrets et abstraits/ Les quatre dimensions de la Nature/ Fondement expérientiel des quatre dimensions naturelles/ Monde extérieur et monde intérieur/ Une quatrième dimension naturelle/ Le monde imaginaire/ Les deux modes d’exploration de la réalité
B- LA FORMALISATION MATHEMATIQUE
Introduction/ La sphère et la géométrie sphérique/ Les attributs spécifiques de la sphère/ La quatrième dimension et ses modes de représentation/ La projection stéréographique/ La dimension effacée/ L’éversion de la sphère/ La rotation dans la quatrième dimension/ Le temps-durée et la quatrième dimension/ Les limites des mathématiques/ Le pouvoir symbolique de la sphère/ Un monde complexe/ De la symétrie à l’harmonie